หลังสงครามโลกครั้งที่สอง องค์กร นินจาญี่ปุ่น ที่เคยรุ่งเรืองถูกยุบโดย GHQ จนเหมือนว่านินจาจะหายไปจากหน้าประวัติศาสตร์ ทว่าความจริงแล้วพวกเขายังคงมีอยู่ในเงามืดมากถึง 200,000 คน ...