เมื่อสพันจ์บ็อบหายตัวไปอย่างลึกลับจากบิกินีบอททอม พรรคพวกสุดเพี้ยนนำโดย แพทริค สตาร์ จึงต้องออกเดินทางผจญภัยครั้งใหญ่สู่ดินแดนที่ลึกที่สุดและอันตรายที่สุดในมหาสมุทรเพื่อตามหาเพื่อนรักกลับมา ...

ชีวิตรักวุ่น ๆ ของ Plankton กับ Karen ที่พลิกหลัง เมื่อ Karen ทิ้งเขาแล้ววางแผนจะทำลายโลก ชวน SpongeBob และกลุ่ม Gal Pals มาช่วยหยุด!