นักบินสองคนบังเอิญไปพบเกาะร้างแห่งหนึ่งและได้เห็นภาพเหตุการณ์สุดระทึก เมื่อ “ก็อดซิลล่า” ตัวที่สองกำลังต่อสู้อย่างดุเดือดกับสัตว์ประหลาดหนาม “แองกิรัส” ...

เรื่องราวต่อเนื่องจากภาค Godzilla Against Mechagodzilla (2002) เมื่อ “คิริว” (เมก้าก็อดซิลลาที่สร้างจากโครงกระดูกของก็อดซิลลาตัวแรก) อยู่ในระหว่างซ่อมแซม ฝาแฝด “คอสโม” ...