โนบิตะได้พบกับต้นกล้าเล็กๆ และใช้ “น้ำยาเร่งการเจริญเติบโตแบบมีชีวิต” จนต้นกล้ากลายเป็นสิ่งมีชีวิตและตั้งชื่อว่า “คีโบ” ต่อมาพวกเขาถูกดึงไปยัง ...

เกิดเหตุการณ์ประหลาดเมื่อประตูมิติใต้เสื่อในห้องของโนบิตะไปเชื่อมต่อกับยานอวกาศของ “โรพอล” เด็กชายจากดาวโคยาโคยา ทำให้โนบิตะและโดราเอมอนสามารถเดินทางไปยังดวงดาวอันไกลโพ้นได้ ...

โนบิตะอยากดำน้ำชมปะการัง โดราเอมอนจึงใช้ “ปั๊มจำลองน้ำทะเล” ทำให้เมืองทั้งเมืองจมอยู่ใต้น้ำเสมือนจริง แต่ในระหว่างที่กำลังสนุกอยู่นั้น พวกเขาก็ได้พบกับ “โซเฟีย” ...

โนบิตะและโดราเอมอนใช้เครื่องมือวิเศษเพื่อไปช่วยเหลือนกโมอาที่เพิ่งสูญพันธุ์ แต่กลับถูกพาไปยัง “เกาะเบเรกามอน” ซึ่งเป็นเกาะลึกลับที่เต็มไปด้วยสัตว์ดึกดำบรรพ์ที่สูญพันธุ์ไปจากโลกแล้ว ...

เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อโนบิตะขุดพบฟอสซิลไข่ไดโนเสาร์และใช้ “ผ้าคลุมกาลเวลา” ทำให้มันฟักตัวออกมาเป็นไดโนเสาร์พันธุ์คอยาว (ฟุตาบะซอรัส) ซึ่งเขาตั้งชื่อว่า “พีซึเกะ” ...

โนบิตะเกิดความคิดพิเรนทร์ว่าอยากให้โลกนี้ใช้เวทมนตร์แทนวิทยาศาสตร์ จึงใช้ “ตู้โทรศัพท์สารพัดนึก” เปลี่ยนโลกให้กลายเป็นโลกแห่งเวทมนตร์ แต่เขากลับพบว่าตัวเองไม่มีพรสวรรค์ด้านเวทมนตร์เลย ...