หลังจากเหตุการณ์ใน Batman Ninja (2018), แบทแมนและพันธมิตรกลับมายัง Gotham City ปัจจุบัน แต่กลับพบว่า “ญี่ปุ่น” (Japanese island) ได้หายไป และมีเกาะลอยบนท้องฟ้าเหนือเมืองก็อตแธม ชื่อ “Hinomoto” ปรากฏขึ้น จากนั้น ยากูซ่าก็มาจำนวนมากจากฟากฟ้าผ่านรอยแยก (interdimensional rift) อันลึกลับที่อยู่เหนือตัวเมือง Gotham นักสืบพันธมิตรของ Batman ต้องช่วยกันหยุดยั้งการรุกรานนี้ โดยที่ศัตรูหลักคือ “Yakuza League” — กลุ่มที่เป็นเวอร์ชันย้อนแย้งของ Justice League ที่กลายมาเป็นพวกยากูซ่ามีพลังเหนือธรรมชาติและความชั่วร้ายอย่างแรง Batman กับ Robin ต้องข้ามมิติไปยัง Hinomoto เพื่อสืบหาที่มาของรอยแยกและหยุดยั้งกองกำลังของ Yakuza League ในขณะที่คนอื่น ๆ เช่น Nightwing, Red Hood, Red Robin ต้องอยู่ปกป้อง Gotham จากการโจมตีของเหล่ายากูซ่าในเมือง