Conan, Ran และกลุ่มเพื่อนร่วมเดินทางไปยังรีสอร์ตบนเกาะ Hachijō-jima ของตระกูล Sonoko ได้รับแจ้งข่าว Europol agent ถูกองค์กรชุดดำลอบสังหารในแฟรงก์เฟิร์ต ก่อนจะเชื่อมต่อกับ Pacific Buoy ซึ่งเป็นจุดศูนย์กลางระบบเฝ้าระวังและ AI ระบุตัวบุคคลทั่วโลก
สายลับ Pinga แฝงตัวบนเครื่องดำน้ำใต้ระบบเพื่อจับตัว Haibara และ Naomi ผู้สร้างระบบ AI ขณะที่ Gin, Vermouth, Bourbon หวังใช้ submarine ระเบิดศูนย์ Pacific Buoy เพื่อปกปิดข้อมูลโดยเฉพาะขององค์กร
การล่มสลายไคลแม็กซ์เกิดบน غواที่บดบังภาพกล้อง เมื่อ Conan วางแผน จุดตำแหน่งด้วยเลเซอร์ใต้น้ำให้ Akai ยิงทำลาย submarine ล่าสุด Haibara และ Naomi รอดหวุดหวิด ขณะที่ Pinga ตายจบภารกิจ
ช่วงเครดิตปล่อน เผย Vermouth สร้างฟีเจอร์แอบทดสอบ AI เพื่อปกปิด ID จริงของ Haibara ต่อยอดเรื่องราวในอนาคต