โคนัน, รัน, โคโกโร่, ไอ, โซโนโกะ และ Agasa เข้าร่วมทริปล่องเรือสำราญ Saint Aphrodite บนมหาสมุทรแปซิฟิก แต่กลับเกิดคดีฆาตกรรมขึ้นเมื่อประธานหญิงของกลุ่ม Yashiro และสามีถูกฆาตกรรม และยังมีเบาะแสเชื่อมโยงไปถึงอุบัติเหตุเรือ Yashiromaru ที่อัปปางเมื่อ 15 ปีก่อน
เมื่อโคนันสืบสวนไปถึง Kusaka และ Akiyoshi สองผู้มีแรงจูงใจลับยิ่งกว่าก็ได้รู้ว่าพวกเขาวางระเบิดบนเรือเพื่อแก้แค้นและหักหลังซึ่งกันและกันในเกมจิตวิทยาที่อันตราย ก่อนจบเรื่องด้วยการช่วยเหลือผู้โดยสาร 600 คน และ รัน ที่ล้มในห้องใต้ดาดฟ้าระหว่างภารกิจหนีตาย