โคนันกลับเป็นชินอิจิชั่วคราวเมื่อได้รับยาชั่วคราวจากไฮบาระ พร้อมร่วมทัศนศึกษาที่ เกียวโต กับรัน เพื่อนร่วมชั้น และเฮย์จิ (บ้างในช่วงหนึ่ง) 
เรื่องเริ่มที่ชินอิจิออกตามไขปริศนาซีเรียลคิลเลอร์ที่กำลังไล่ฆ่าทีมสร้างภาพยนตร์ “Crimson Tengu” โดยใช้รหัสลับปริศนาที่เชื่อมโยงกับชื่อถนนในเกียวโต ช่วงจุดเด่นรวมถึงฉากลอบทำร้ายบน เวทีคิโยมิซึ-บูไต และการเปิดเผยฆาตกร (Riki Agata) ซึ่งแฝงแรงจูงใจจากความเจ็บปวดและอคติในอดีต 
ตอนจบมีโมเมนต์สำคัญของชินอิจิ–รัน เมื่อเขาสารภาพรักและเธอจูบแก้มเขา ก่อนเขาจะหายตัวกลับเป็นโคนันอย่างรวดเร็ว