เรื่องราวของซีซัน 1 มุ่งเน้นไปที่สองพี่น้อง ลินคอล์น เบอร์โรวส์ (Lincoln Burrows) ผู้ถูกตัดสินประหารชีวิตในข้อหาฆาตกรรม เทอร์เรนซ์ สเต็ดแมน (Terrence Steadman) น้องชายของรองประธานาธิบดีสหรัฐฯ ...

รัฐบาลได้ทำการประกาศว่ามียารักษาพวกมนุษย์กลายพันธุ์ให้กลับมาเป็นเหมือนเดิม แต่แม็กนีโต้ไม่ยอมจึงส่งมิสทีคไปฆาตกรรมนักวิทยาศาสตร์ที่คิดค้นยา หลังจากการหายสาปสูญของจีน เกรย์ สก็อตต์ ...