เรื่องราวการข้ามเวลาครั้งใหญ่เมื่อ “มาสค์ไรเดอร์เซนจูรี่” ปรากฏตัวขึ้นจากปี 2071 เพื่อทำลายล้างเหล่าไรเดอร์ ทำให้ “มาสค์ไรเดอร์รีไวส์” และ “มาสค์ไรเดอร์เซเบอร์” ต้องร่วมมือกันไขความลับที่เชื่อมโยงถึงอดีตในปี 1971 ซึ่งเป็นปีที่มาสค์ไรเดอร์หมายเลข 1 ถือกำเนิดขึ้น ศึกครั้งนี้คือการต่อสู้เพื่อปกป้องประวัติศาสตร์จากอดีต ปัจจุบัน และอนาคต