“ชินโนะสุเกะ” ต้องเผชิญกับวิกฤตเมื่อชายหนุ่มที่อ้างว่าเป็นลูกชายของเขาจากอนาคต (เอย์จิ) เดินทางมาเตือนเรื่องระบบ “ไดรฟ์” ที่จะทำลายโลก ในขณะเดียวกัน มาสค์ไรเดอร์ปริศนา “ดาร์กไดรฟ์” ก็ปรากฏตัวขึ้นเพื่อไล่ล่าพวกเขา ชินโนะสุเกะต้องหาความจริงเบื้องหลังแผนร้ายและยับยั้งวันหายนะที่กำลังจะเกิดขึ้น