เมื่อชายปริศนานามว่า “เอส” (มาสค์ไรเดอร์อีเดน) ประกาศจะทำลายโลกภายในเวลา 60 นาทีผ่านการโจมตีของผู้ก่อการร้ายทั่วโลก ฮิเด็น อารุโตะ ...

เมื่อประวัติศาสตร์ถูกบิดเบือนโดย “ฟีนิส” ไทม์แจ็คเกอร์คนใหม่ ทำให้โลกของ “ฮิเด็น อารุโตะ” (เซโร่วัน) เปลี่ยนไป ฮิวแมนเกียร์กลายเป็นผู้ครองโลกและมนุษย์ต้องอยู่อย่างหลบซ่อน ...