โนบิตะและโดราเอมอนใช้เครื่องมือวิเศษเพื่อไปช่วยเหลือนกโมอาที่เพิ่งสูญพันธุ์ แต่กลับถูกพาไปยัง “เกาะเบเรกามอน” ซึ่งเป็นเกาะลึกลับที่เต็มไปด้วยสัตว์ดึกดำบรรพ์ที่สูญพันธุ์ไปจากโลกแล้ว ...