ตำรวจญี่ปุ่นหลายคนถูกลอบสังหาร ตัวละคร รัน โมริ อยู่ในเหตุการณ์และประสบอาการ ความจำเสื่อมหลังช็อก เมื่อเธอจำโคนันไม่ได้ แต่จำได้ว่าเห็นใบหน้าฆาตกรโผล่ในห้องน้ำขณะเกิดเรื่อง ...

หลังจากรอดตายจากภารกิจสุดโหดในภาคแรก อีธาน ฮันต์ (Tom Cruise) กลับมาอีกครั้ง พร้อมภารกิจใหม่ที่ยิ่งใหญ่และอันตรายกว่าเดิม — หยุดไวรัสมรณะที่ถูกขโมยไปโดยอดีตสายลับตัวแสบ! ไวรัสตัวนี้ชื่อว่า ...