เรื่องราวภาคต่อจากทีวีซีรีส์และเดอะมูฟวี่ เมื่อองค์กรลึกลับ “Lyon Arkland” ได้ทำการจับตัว “จิน” ไปเพื่อใช้ในแผนการสร้างระบบทหาร AI ใหม่ ทำให้สมาชิกกลุ่มเม็ทสึโบจินไรที่เหลือ (โฮโรบิ, อิคาสึจิ และนากิ) ต้องออกไปช่วยเหลือ แต่ทว่าในระหว่างการต่อสู้ จิตจำลองของทั้ง 4 ได้รวมตัวกันจนเกิดเป็นตัวตนใหม่ในชื่อ “มาสค์ไรเดอร์เม็ทสึโบจินไร” ที่มาพร้อมกับการตัดสินใจที่ส่งผลกระทบต่อโชคชะตาของพวกเขาทุกคน