เรื่องย่อ ในฤดูกาลที่ 2 นี้, เบ็น, เกวน, และเควิน ต้องรับมือกับแผนการชั่วร้ายที่ขยายวงกว้างออกไปของเผ่าพันธุ์ไฮบริดและศัตรูใหม่ ๆ, เบ็นต้องเรียนรู้ที่จะควบคุมพลังและเอเลี่ยนชุดใหม่ใน Omnitrix ให้ชำนาญยิ่งขึ้นเพื่อเผชิญหน้ากับความขัดแย้งที่ทั้งสามคนต้องร่วมกันแก้ไข