เรื่องราวของซีซัน 1 มุ่งเน้นไปที่สองพี่น้อง ลินคอล์น เบอร์โรวส์ (Lincoln Burrows) ผู้ถูกตัดสินประหารชีวิตในข้อหาฆาตกรรม เทอร์เรนซ์ สเต็ดแมน (Terrence Steadman) น้องชายของรองประธานาธิบดีสหรัฐฯ ทั้งที่เขาเป็นผู้บริสุทธิ์

ไมเคิล สกอฟิลด์ (Michael Scofield) น้องชายของลินคอล์น ซึ่งเป็นวิศวกรโครงสร้างอัจฉริยะ เชื่อมั่นในความบริสุทธิ์ของพี่ชาย เขาจึงวางแผนที่ซับซ้อนอย่างยิ่งเพื่อช่วยลินคอล์นหนีออกจากคุก โดยการจงใจปล้นธนาคารเพื่อให้ตัวเองถูกจับและถูกส่งไปยังเรือนจำเดียวกันคือ ฟ็อกซ์ ริเวอร์

ไมเคิลใช้อัจฉริยภาพและความรู้ด้านโครงสร้างของเรือนจำในการสักแผนผังคุกทั้งหมดไว้บนร่างกายในรูปแบบรอยสักอันซับซ้อน ในคุกเขาต้องเผชิญกับอุปสรรคมากมาย ทั้งผู้คุมหัวหน้าเบลลิค (Bellick) การสร้างความสัมพันธ์กับกลุ่มนักโทษที่จำเป็นต่อแผน (เช่น ซูเคร, ที-แบ็ก, จอห์น อาบรุซซี) รวมถึงการเข้าถึงห้องพยาบาลของ ดร.ซาร่า แทนเครดิ (Dr. Sara Tancredi) เพื่อใช้เป็นเส้นทางหลักในการหลบหนี

ขณะเดียวกัน เวโรนิก้า โดโนแวน (Veronica Donovan) ทนายและเพื่อนสมัยเด็กของพี่น้องคู่นี้ ก็พยายามสืบสวนหาความจริงเกี่ยวกับองค์กรลับที่อยู่เบื้องหลังการใส่ร้ายลินคอล์น ซึ่งเป็นองค์กรที่รู้จักกันในนาม “เดอะ คอมพานี (The Company)”

จุดไคลแม็กซ์ของซีซันคือความพยายามครั้งสุดท้ายในการแหกคุกพร้อมกับนักโทษกลุ่มหนึ่ง ซึ่งต่อมาถูกเรียกว่า “The Fox River Eight”