การผจญภัยครั้งใหม่ของเจ้าเม่นสายฟ้า Sonic กลับมาพร้อมพลังและหัวใจที่ใหญ่กว่าเดิม หลังจากเอาชนะ Dr. Robotnik ในภาคแรก Sonic ต้องเผชิญหน้ากับภัยครั้งใหม่เมื่อ Knuckles นักรบเอคิดนามาพร้อมพลังลึกลับ และ Dr. Robotnik ที่กลับมาแก้แค้นพร้อมกับอาวุธทำลายล้างโลก งานนี้ Sonic ต้องร่วมมือกับเพื่อนซี้ Tails ออกเดินทางข้ามโลกเพื่อปกป้อง Master Emerald ก่อนที่มันจะตกไปอยู่ในมือของเหล่าวายร้าย