Sonic, Tails และ Knuckles ต้องเผชิญกับศัตรูทรงพลัง—Shadow the Hedgehog ผู้มีพลังลึกลับเหนือกว่าเดิม และพวกเขาจำต้องร่วมมือกับอดีตศัตรู Dr. Robotnik (และคุณปู่ Gerald Robotnik) เพื่อหยุดแผนทำลายโลกจาก Shadow